Criado em 1977 como “Museu Histórico da Faculdade de Medicina”, o órgão assumiu a denominação de Museu Histórico “Prof. Carlos da Silva Lacaz” em 1993, em homenagem ao fundador e seu diretor vitalício até 2002, ano de falecimento desse médico e pesquisador da área de Microbiologia e Micologia Médica. O projeto museológico instituído se deu em bases privadas, mas com apoio da elite médica paulista e de parte significativa dos professores e alunos da própria Faculdade.
Dedicou-se a partir de então em reunir materiais, que conseguissem traduzir uma “história oficial” médica e institucional, apoiado na concepção de uma trajetória histórica linear, progressiva e extremamente cravada por vultos e feitos heróicos. Paralelamente a isso, o Museu Histórico foi capaz de agrupar um vasto acervo documental, com prioridade aos primeiros tempos da institucionalização médica em São Paulo, variando de grupos e especialidades, a partir dos critérios atribuídos unicamente por seu diretor.
Nesta direção, a morte do Prof. Carlos da Silva Lacaz em 2002 abriu um hiato em relação ao espaço de poder ocupado anteriormente pelo ex-diretor. A estrutura administrativa do Museu, que até então estava diretamente subordinada à diretoria foi transferida para a Comissão de Cultura e Extensão (CCEx), e desde então, o Museu passou a vivenciar um profundo processo de redefinição de suas características e funções.
A partir do ano de 2007, a Comissão de Cultura e Extensão Universitária (CCEx), presidida pelo Prof. Dr. José Ricardo C. M. Ayres, criou a Sub-comissão de Museus responsável por dar novos direcionamentos institucionais ao Museu Histórico. Com o apoio institucional e irrestrito do Diretor da Faculdade de Medicina, Prof. Dr. Marcos Boulos, do Diretor da Fundação Faculdade de Medicina, Prof. Dr. Flávio Fava de Morais, um amplo trabalho foi coordenado no sentido da revitalização infra-estrutural e das atividades museológicas do Museu Histórico. Cabe lembrar, que no processo de revitalização infra-estrutural do Museu Histórico, houve a participação do Banco Santander através de seu Projeto Universidades.
Para que houvesse o acompanhamento da reforma infra-estrutural do Museu Histórico, bem como a introdução das modificações regimentais e da constituição das novas atribuições nas áreas da pesquisa, da museologia e educacional, foram contratados os historiadores André Mota (Coordenador do Museu Histórico) e Maria Gabriela S.M.C. Marinho (Pesquisadora).